16 yy.ın ikinci yarısında, III. Murat’ın Rumeli Beylerbeyi Mehmet Paşa, burada kendisine bir yalı yaptırır. Beylerbeyi ismi de buraya dayanır. Daha sonraki dönemlerde Sultan topraklarına katılan mekâna; 19yy.ın ilk çeyreğinde, II Mahmut tarafından ahşap bir saray inşa ettirilir. Bu saray yanar ve yerine bugünkü Beylerbeyi Sarayı, dönemin ünlü mimarı Sarkis Balyan ve kardeşi tarafından,  Abdülaziz için yaptırılır. 1865 yılında yapımı tamamlanan Saray, Sultan ailesinin yazlık sarayıdır. Beylerbeyi Sarayı, Sultan’ın yazlık sarayı olmasının yanı sıra, aynı zamanda yabancı konuklarının ağırladığı bir mekândır. 

Saray’ın Bahçesi, ağaçlar, heykeller ve Havuzlarla süslenmiştir. Sarayın iç kısmında, havuzlu bir salon, selamlık, harem ve amiral odası göze çarpar. Ayrıca; valide sultan odası, yemek odası, kabul odası ve mavi salon gibi iç mekânlarda görülmeye değer yerlerdir. Sarayda toplam 26 oda ve 6 salon vardır. Saray’ın bahçesinde bulunan Mermer Köşk ve Sarı Köşk’ün II. Mahmut tarafından İnşa edildiği söylenir. Sarı Köşk, Abdülaziz zamanında restore edilmiştir. Bahçenin köprü tarafındaki Ahır Köşkü ise; Sultan’ın atları için yaptırılmıştır.   

Abdülhamit tahtan indirildikten sonra, öldüğü 1918 yılına kadar bu Saray’da gözaltında tutulur. Saray; Cumhuriyet Döneminde, Atatürk’ün konuklarını da ağırlar. Bugün müzeye dönüştürülmüş tarihi yapı, Anadolu yakasının en gözde mimarilerindendir.